Rodil se je leta 1874 v Polhovem Gradcu, v revni kmečki družini. Kot mlad fant je poslikal panjske končnice domačega čebelnjaka, zanimivo poslikavo pa je opazil vaški podobar Jernej Trnovec ter ga vzel k sebi v uk. Kasneje je odkupil njegove čebele in tako je dobil Vodnik denar, da je lahko šel v Ljubljano, na obrtno šolo, kjer je hospitiral pri kiparju Alojzu Ganglu. Izpopolnjeval se je še pri kamnoseku Tomanu, kiparju Progarju v Celovcu in celo na Dunaju.Leta 1907 se je za stalno naselil v Novem mestu, kjer si je kupil skromno hišico (današnja Detelova ulica 3), v kateri si je uredil podobarsko delavnico.
Poleg običajnega rezbarskega opravila (izdelave kipcev, okraskov, svečnikov in ostalih drobnarij umetne obrti), je obnovil kar nekaj oltarjev po cerkvah in gradovih na slovenskem. Kljub visoki starosti, dočakal je 92 let, je delal dokler mu je zdravje dopuščalo. Sam se je rad pohvalil, da bere in dela še kar brez očal.
Pokopan je na ločenskem pokopališču, njegov nagrobnik krasi marmorni kip angela.Vodnik je bil nekoč redni obiskovalec razstav v Dolenjskem muzeju. Med drugim je obiskal tudi razstavo znanca slikarja Lojzeta Perka, ki je bila v Galeriji leta 1960. V Dolenjskem muzeju hranimo rezbarjevo risano podobo, ki jo je leta 1965, dobro leto pred njegovo smrtjo, narisal slikar Lojze Perko. Na portret se je stari mojster Vodnik tudi podpisal.
Katarina Dajčman, kustosinja